Шексна является важным транспортным узлом. В поселке пересекаются железнодорожные пути (станция Шексна), федеральная трасса А114 и Волго-Балтийский водный путь. Гидроузел имеет гидроэлектростанцию, водосливную плотину и две нитки шлюза (№7, №8). Они поднимают суда на высоту более чем 13 метров над уровнем Рыбинского водохранилища.

Недалеко от посёлка расположен индустриальный парк "Шексна". Это промышленный комплекс на котором расположено множество предприятий, перечислять которые здесь не имеет смысла.

На территории Шексны расположено, пожалуй, градообразующее предприятие - Шекснинский комбинат древесных плит. Он выпускает ламинированные древесно-стружечные плиты, древесно-стружечные плиты, древесно-волокнистые плиты средней плотности.