Роджер Федерер родился 8 августа 1981 года в городе Базель, Швейцария. Его отец — германо-швейцарец Роберт Федерер и африканерка — Линет Дю Ранд. На данный момент Роджер проживает в городе Обервиль, Швейцария. Свободно говорит на трех языках: английском, немецком и французском. Его имя Roger произносится на английский манер как Роджер (а не на французский как Роже, хотя такая передача имени иногда встречается). Имеет двойное гражданство Швейцарии и ЮАР, однако на всех спортивных соревнованиях выступает под швейцарским флагом.

11 апреля 2009 года Роджер женился на своей давней подруге Мирке Вавринец, с которой познакомился в 2000 году на Олимпиаде в Сиднее, где оба они защищали цвета швейцарского флага. В то время Мирка была в первой сотне рейтинга (самый высший рейтинг в ее карьере — 76) и благодаря ее дружелюбному и открытому характеру быстро нашла общий язык с Роджером. Через год после их знакомства, она была вынуждена закончить свою карьеру игрока из-за травмы ноги и полностью посвятила себя делам Роджера. Она стала его пресс-секретарем, пиар-менеджером, спарринг-партнером и даже тренером.

13 марта 2009 года Роджер объявил, о том, что он и его подруга готовятся стать родителями. И 23 июля 2009 года Федерер стал отцом: его супруга Мирослава родила двух девочек-близнецов, которых назвали Майла Роуз (англ. Myla Rose) и Шарлин Рива (англ. Charlene Riva). С тех пор прошло уже почти три года и теперь компанию Мирке в ложе игрока иногда составляют дочурки вместе с няней.